亚甲基蓝和甲基蓝什么区别如下：

1、两者的化学式，分子量，化学结构都不同。

亚甲基蓝：化学式：C16H18ClN3S，分子量：319.86，是一种吩噻嗪盐。

甲基蓝：分子式C37H27N3Na2O9S3，分子量：799.80，是一种芳香杂环化合物。

2、物理性质不同。

亚甲基蓝：

无水亚甲基蓝是金红色闪金光或闪古铜色光的粉状物，溶于水，酒精，氯仿，不溶于乙醚，其溶液为蓝色；遇浓硫酸呈黄光绿色；稀释后呈蓝色  ；水溶液中加入氢氧化钠溶液后呈紫色或出现暗紫色沉淀。

三水合亚甲基蓝为发亮的深绿色结晶或细小深褐色粉末，带青铜光泽，无气味，在空气中稳定，溶于水，水溶液为天蓝色，溶于乙醇，溶液为蓝色，溶于氯仿，不溶于乙醚和苯。

甲基蓝：

闪光红棕色粉末。极易溶于冷水和热水中，呈蓝色。溶于酒精呈绿光蓝色。遇浓硫酸呈红棕色，将其稀释后呈蓝紫色。PH值9.4-14.0（由蓝至红至无色）。

3、抑杀霉菌的能力有差别

两者比较来看，亚甲基蓝抑杀霉菌细菌效力较好，同时有驱外寄的功效，而甲基蓝就对外寄无效。重大区别就在亚甲基蓝能对鱼亚硝酸盐中毒有疗效，而甲基蓝则没有。

4、用处不同：

甲基蓝用于动物组织学中原生动物活体、细菌、神经细胞的染色。医用消毒剂。

亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。